Il trattamento Invisalign comincia con una corretta diagnosi ortodontica cioè con l’esame clinico completo del paziente (visita, radiografie, modelli,ecc.) che evidenzia la terapia ortodontica necessaria. Successivamente si fanno delle impronte della bocca del paziente che vengono inviate ad Invisalign. Invisalign può allestire un modello computerizzato della bocca del paziente e programmare i movimenti dentali richiesti dal medico.
Il medico, che accede al modello computerizzato della bocca via internet, corregge la programmazione ortodontica di Invisalign fino a che questa coincida pienamente con la terapia ortodontica studiata per il paziente. Invisalign produce tutte le mascherine necessarie a risolvere il caso e le spedisce al medico che provvederà a consegnarle al paziente. Cambiando le mascherine ogni 2 settimane medico e paziente potranno seguire i movimenti dentali programmati confrontandoli con il modello computerizzato.